Управление Россельхознадзора по Нижегородской области и Республике Марий Эл действует на основании Постановления Правительства РФ от 8 апреля 2004 г. № 201 "Вопросы Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору"; Постановления Правительства РФ от 30 июня 2004 г. № 327 "Об утверждении Положения о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору" и Положения об Управлении Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по Нижегородской области и Республике Марий Эл, утвержденного приказом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору от 15 апреля 2013 г. № 176.
Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор) является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами, обеспечения плодородия почв, обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна, земельных отношений (в части, касающейся земель сельскохозяйственного назначения), функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных.
При осуществлении своих полномочий Управление Россельхознадзора по Нижегородской области и Республике Марий Эл поддерживает постоянную связь по вопросам деятельности с Управлением Федеральной налоговой инспекции по Нижегородской области, Управлением Федеральной налоговой инспекции по Республике Марий Эл, Нижегородской межрайонной природоохранной прокуратурой, Прокуратурой Нижегородской области, Прокуратурой Республики Марий Эл, а также Управлением Генеральной прокуратуры по ПФО. Деятельность Управления проводится в тесном сотрудничестве с министерствами и ведомствами, их структурными подразделениями и органами местного самоуправления.